Clearing & Settlement (obračun i poravnanje) je proces koji treba da osigurava izvršenje obaveza transakcijskih strana proizašlih iz transakcija zaključenih na Berzi. To uključuje prenos novca od strane kupca na prodavca, te prenos vrijednosnih papira sa prodavca na kupca. Ovaj sistem funkcionira po principu „delivery versus payment“ (isporuka nasuprot plaćanju), i znači da se vrijednosni papiri prebacuju sa računa prodavca na račun kupca tek nakon prenosa novca za transakciju od kupca prema prodavcu. Settlement-ciklus na tržištu kapitala u FBiH je „T+2“, što podrazumijeva da se sve obaveze moraju izvršit dva (2) radna dana nakon dana zaključivanja posla ('T'). Obračun i poravnanje je za investitore uglavnom „nevidljiv“ proces, koji je bez obzira na to, od izuzetne važnosti za uspješno obavljanje transkacije.

Generalno gledajući, transakcija može propasti ( tada se govori o „trade failure“ ) u slijedećim slučajevima:

• krivicom kupca, kada isti ne izvrši uplatu predviđenog iznosa za kupovinu dionica
• krivicom prodavca, kada isti ne posjeduje vrijednosne papire u količini dovoljnoj da se izvrši obaveza iz transakcije zaključene na Berzi.

Sistem obračuna i poravnanja u FBiH u vezi sa tim ima slijedeće zaštitne mehanizme:

• Garantni fond pri Registru vrijednosnih papira u FBiH: Svi članovi RVP-a (= članovi Berze, tj. profesionalni posrednici) imaju obavezu uplaćivati sredstva u ovaj fond. Ulog se dijeli na fiksni dio, koji je jednak za sve profesionalne posrednike, i na varijabilni dio, čija visina zavisi od prometa pojedinačnog člana koji je ostvario u proteklom periodu. Sredstva iz ovog fonda se koriste u slučaju kada jedna od transakcijskih strana (profesionalni posrednik) ne izvrši plaćanje transakcije. U tom slučaju, RVP koristeći sredstva iz garantnog fonda podmiruje transakciju, a od brokerske kuće koja nije izvršila svoju obavezu traži povrat ovih sredstava (uz penale).
• Pozajmljivanje: Ukoliko klijent prodavac na svom računu ne posjeduje dovoljnu količinu vrijednosnih papira, brokerska kuća koja ga zastupa obavezna je izvršiti pozajmljivanje nedostajuće količine tih vrijednosnih papira, sa ciljem sprovođenja transakcije.